Um dos softwares que uso para converter arquivos de áudio em meu linux é o SoundConverter ou simplesmente Conversor de som do Gnome.
Tem uma aparência semelhante ao Selena Media Enconder e utiliza o GStreamer para ler (Ogg Vorbis, AAC, MP3, FLAC, WAV, AVI, MPEG, MOV, M4A, AC3, DTS, ALAC, MPC, Shorten, APE, SID, MOD, XM, S3M, etc ... ), e escreve para o Opus, Ogg Vorbis, FLAC, WAV, AAC e MP3.
Você precisa instalar o GStreamer... em preferências...